La Maestría en Ciencias en Desarrollo Rural Regional inició sus actividades en agosto de 1991, de tal forma, en agosto de 2017 cumplió 26 años de formar profesionistas con el nivel de posgrado que desde diversos ámbitos (organizaciones rurales y campesinas, comunidades y ejidos, ONG´s, instituciones gubernamentales, centros de enseñanza e investigación, entre otros) del medio rural contribuyen al desarrollo del campo mexicano. El principio fundamental que rige el funcionamiento de la Maestría es su compromiso con los actores sociales en la generación de conocimientos y alternativas para lograr el desarrollo rural regional desde sus propias condiciones y necesidades económicas, productivo-tecnológicas, ambientales y socioculturales bajo la perspectiva interdisciplinaria y el aprendizaje colaborativo.

Actualmente este programa cuenta con cuatro grupos operativos ubicados en el Campus central de Chapingo; en el Centro Regional Universitario de Centro Occidente (CRUOC) localizado en Morelia, Michoacán; en el Centro Regional Universitario Centro Norte (CRUCEN) en Morelos, en Zacatecas y en San Cristóbal de las Casas, Chiapas.